Medewerkers van goede doelen worden gemiddeld genomen vergelijkbaar beloond als personeel in de zakelijke dienstverlening. De organisaties worden geacht om hun medewerkers op maatschappelijk verantwoorde wijze te belonen. Voor directeuren geldt een beloningsregeling.
In 2005 is de Adviesregeling beloning directeuren goede doelen tot stand gekomen op initiatief van VFI. Deze regeling is gebaseerd op de -door de commissie Wijffels opgestelde- Code Goed Bestuur voor goede doelen. Criteria die gehanteerd worden bij het vaststellen van de beloning zijn: de omvang van de organisatie (in inkomsten, bestedingen en aantal medewerkers), de complexiteit van de organisatie (o.a. diversiteit aan activiteiten), de organisatorische context en het directiemodel. Alle VFI-leden moeten voldoen aan deze regeling.
De
beloningsregeling van VFI is op 8 september 2011 aangescherpt, waarbij onder meer de hoogte van de vertrekvergoeding is gemaximeerd. Ook is vastgelegd dat het Centraal Bureau Fondsenwerving toezicht gaat houden op de verantwoording van de beloningsregeling in de jaarverslagen. De herziene regeling geldt per 1 januari 2012.